L'activité piscicole nécessite une grande quantité d'eau. C'est une source possible de pollution organique pour les milieux aquatiques, d'où la nécessité de se conformer aux lois relatives à l'utilisation de l'eau et à la protection de la qualité de l'environnement.

Les risques d'eutrophisation du milieu aquatique par les activités piscicoles peuvent constituer un frein au développement de plusieurs entreprises.

À la suite de l'analyse des principales difficultés (transfert des certificats d'autorisation, sensibilisation des pisciculteurs au développement durable, limites technologiques actuelles de traitement des effluents) vécues ou prévues par l'industrie, la Table filière de l'aquaculture en eau douce du Québec (TFAEDQ) a décidé, en 2001, de mobiliser ses membres pour concevoir et proposer des façons novatrices de protéger davantage le milieu aquatique, tout en protégeant les acquis de l'industrie en place et son potentiel de développement.

Le résultat de cette démarche a été la signature à l'été 2004 d'une entente, la Stratégie de développement durable de l'aquaculture en eau douce au Québec (STRADDAQ), entre le ministère de l'Agriculture, des Pêcheries et de l'Alimentation (MAPAQ), le ministère du Développement durable, de l'Environnement et des Parcs (MDDEP) et l'Association des Aquaculteurs du Québec (AAQ). En mai 2011, ces trois partenaires ont signé un addenda afin d'apporter certains ajustements aux modalités d'application de la STRADDAQ pour en faciliter la mise en oeuvre d'ici son échéance.