Afin de pouvoir favoriser des interventions adaptées à la réalité de chacune des entreprises agricoles touchées, des sous-bassins ont été identifiés sur le territoire de chacune des quatre grandes rivières du Centre-du-Québec.

• Rivière Bécancour : sous-bassin versant de la rivière Blanche de Saint-Wenceslas
• Rivière Nicolet : sous-bassin versant de la rivière Saint-Zéphirin
• Rivière Saint-François : sous-bassin versant de la rivière aux Vaches
• Rivière Yamaska : sous-bassin versant de la rivière David.

L'ensemble de ces quatre sous-bassins versants regroupent quelque 250 producteurs agricoles.