Quelques études ont été réalisées sur les coûts de l'étiquetage des OGM notamment au niveau canadien. Cependant, aucune étude économique n'avait jusqu'ici été réalisée dans un contexte où le Québec serait la seule province à légiférer en cette matière. C'est pourquoi, en juillet 2004, le MAPAQ a confié un mandat à l'Université du Québec à Montréal (UQAM) pour la réalisation d'une étude économique sur les coûts relatifs à la mise en place de l'étiquetage obligatoire au Québec.

Les coûts de l'étiquetage obligatoire ne consistent pas qu'en l'impression d'une étiquette à apposer sur un produit. Au-delà de paramètres tels que son caractère obligatoire ou non, son seuil d'application, l'inclusion ou non des produits raffinés, pour être fiable, la norme d'étiquetage doit aussi reposer sur une traçabilité crédible qui se rend jusqu'aux produits vendus aux consommateurs.  Ainsi, à toutes les étapes de la fabrication du produit, il est impératif de pouvoir démontrer que les ingrédients utilisés ne sont pas GM. La question de l'étiquetage revêt donc une dimension beaucoup plus étendue, qui doit prendre en compte une série d'activités touchant les processus de production des cultures, la manutention et le transport des grains, ainsi que l'approvisionnement des ingrédients qui serviront à la transformation des aliments destinés à la distribution et au commerce de détail.

Le coût total mesurable d'implantation de l'étiquetage obligatoire des OGM seulement au Québec pour tous les maillons des filières maïs et soja et pour le gouvernement serait d'environ 161,8 millions de dollars. Les coûts annuels récurrents et quantifiables, pour la gestion de ce système, seraient d'environ 28,4 millions de dollars.  Une hausse des prix des produits pour le consommateur et une diminution de la variété des produits disponibles sur les tablettes est également à envisager selon le chercheur.