Le MAPAQ a contribué à des projets sur les thèmes de recherche suivants au cours des cinq dernières années. ​

Formation

• Activité de communication sur l'innovation de la production et de la mise en marché du safran québécois.
• Colloque sur les champignons forestiers et autres produits forestiers non ligneux et son atelier de partenariat.
• Conférence scientifique canadienne en agriculture biologique : La recherche en bio se cultive à la ferme.
• Identification et stratégie de mise en œuvre des priorités de recherche et de transfert en plantes fourragères par le maillage de chercheurs et d'entreprises productrices et utilisatrices de fourrages.
• Mise en valeur des succès d'innovation en agriculture biologique et établissement des priorités en recherche appliquée pour le secteur biologique québécois.
• Organisation d'activités d'échanges avec des experts étrangers : Post-colloque plantes fourragères et Journée biomasse herbacée pérenne.​

Maladie des plantes

• Contrôle de trois pathogènes du tournesol, phoma, phomopsis et sclerotinia avec des produits biologiques contans, fertilante et endomycorhize et une culture intercalaire.
• Évaluation d'associations de différentes familles de plantes botaniques pour la gestion efficace des mauvaises herbes dans la culture biologique de la cameline (projet en cours).
• Lutte au galinsoga en maraîchage biologique.

Régie des cultures

• Amélioration de la régie de culture et développement d'une stratégie de récolte dans la production d'edamame (grains et gousses).
  
• Caractérisation des conditions de culture propices à l'ail des bois en système agroforestier et en serres.
• Culture de l'asclépiade de Syrie en Mauricie en 2012.
• Développement d'une méthode colorimétrique pour l'évaluation de la maturité et de la qualité du houblon.​
  
• Développement d'une technique de production du sa​fran cultivé sous conditions climatiques québécoises.
• Élaboration et optimisation d'un procédé de mise en culture liquide pour la croissance de mycéliums de diverses espèces de champignons comestibles.
• Fiches techniques: ravageurs et maladies dans les cultures de scutellaire, molène et guimauve (projet en cours).
• Feuillet technique sur la culture des céréales d'automne au Québec et présentation de leurs avantages agronomiques, environnementaux et économiques​.
• Impact du travail du sol, de paillis et de la fertilisation dans la culture de l'ail des bois en érablière.
• Implantation et évaluation technico-économique comparative des cultures de la gourgane et de la féverole dans la région du Bas-Saint-Laurent​.
• ​Le chia : une nouvelle culture pour la production biologique au Québec.
• Optimisation de l'implantation de pépinières de trèfle Kura (Trifolium amgibuum Bieb.) : type de sols, fertilisants et dates de plantation.
• Outil bioclimatique pour prévoir l'émergence du matsutake.
• Productivité et qualité de l'épeautre selon différentes régies de semis et de fertilisation en vue de sa valorisation pour des marchés niches.

​Transformation

• Caractérisation de plantes indigènes, d'épices et de végétaux du Québec pour leurs propriétés antimicrobiennes et organoleptiques (projet en cours).
• Essai d'équipements pour la transformation du houblon.
• Étude du potentiel nutraceutique de la culture du houblon au Québec.