Le MAPAQ a contribué à des projets sur les thèmes de recherche suivants au cours des cinq dernières années. 

Amélioration / reproduction des animaux

• Adaptation et alliance de la génomique et du transfert embryonnaire pour la création d'un outil technologique unique.
• Amélioration de la qualité des embryons bovins de race Jersey.
• ​Description des effectifs génétiques ​de la Canadienne : étape essentielle pour le développement d'une stratégie de gestion de la race
• Mise à jour sur la recherche faite sur les croisements de races de vaches laitières.

Génie

• Mise à l'essai en conditions réelles d'exploitation d'un système de chauffage de l'eau destiné à l'alimentation des veaux de lait. ​

Maladies

• Amélioration de la santé des vaches laitières par un meilleur diagnostic des mycotoxicoses (projet en cours).
• Amélioration de la technique de dépistage des infections par Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis (MAP) à l'échelle du troupeau.​​
• Amélioration des stratégies diagnostiques de détection des veaux lourds souffrant de pneumonies (projet en cours).
• Comment soigner la maladie ovarienne post-partum chez les bonnes productrice.
• ​Détection d'un corp​s cétonique dans le lait de vache par infrarouge entre les contrôles laitiers afin de diminuer les impacts négatifs d'un haut taux de corps cétoniques en début de lactation.
  
• Étude épidémiologique sur le risque d'infection par Salmonell​a Dublin des veaux de grain et de lait au Québec : prévalence, approches diagnostiques et facteurs de variation.​
  
• Évaluation de la lactatémie et des troponines cardiaques comme facteurs pronostiques lors de mammite aiguë et du syndrome vache à terre chez les bovins laitiers.
• ​Évaluation des pratiques d'utilisation des agents antimicrobiens par les médecins vétérinaires et les producteurs de bovins laitiers du Québec​.
• Impact de l'application de mesures de biosécurité sur la diminution de l’incidence de Mycobacterium aviumparatuberculosis dans les troupeaux laitiers du Québec.
• Prévalence, cause et contrôle de l’antibiorésistance ​sur les fermes laitières québécoises.
• Prévalence d'hypercétonémie, d'endométrite et d'anovulation prolongée post-partum dans les troupeaux laitiers et leur association avec la baisse de performance en reproduction.
• Utilisation de la bactériologie, du génotypage et des facteurs de virulence de Escherichia coli pour diagnostiquer la métrite aiguë chez les vaches laitières.
• Traitement non antibiotique des maladies infectieuses et traitement non hormonal de l'infertilité en production laitière bioloqique.
• Vaccin innovateur contre la rhinotrachéite infectieuse bovine.

Nutrition animale

• Effet des acides gras à chaîne moyenne sur le métabolisme lip​idique de la vache laitière.
• Évaluation de différentes biomasses pour l'élevage pilote de larves de mouches; une source alternative ​de protéines et de lipides en alimentation animale

Régie de troupeau

• Adaptation d'un modèle informatisé de suivi de la croissance des génisses laitières.​
  
• Amélioration de l'efficacité environnementale des aires d'hivernage : validation d'un nouveau concept.
• ​Analyse du lait à la ferme par spectroscopie infrarouge (IR-TF ou FTIR) : un outil de gestion de la qualité​.
  
• Communauté de pratique innovante pour l'optimisation de la traite robotisée en production laitière.​​
  
• Développement et expérimentation de configurations de parcours de pâturage in​citatifs pour maximiser la traite robotisée en ferme laitière biologique.
  
• Élaboration d'outils de diffusion sur la prise de mesures aux ultrasons chez le bœuf​.
• Évolution des com​​posantes laitières​ au cours de la saison estivale dans les troupeaux laitiers québécois.
  
• Expérimentation des quantités optimales d'orge nue en remplacement du maïs-grain dans l'alimentation des bovin​s laitiers en climat nordique.
• L'aménagement de risbermes et de baissières pour augmenter l'efficacité des bandes végétatives filtrantes autour des enclos d'hivernage (projet en cours).
• ​Semi-finition des veaux: essai de différents types d'alimentation fourragère.​