Le MAPAQ a contribué aux projets de recherche suivants au cours des cinq dernières années. ​

• Caractérisation de plantes indigènes, d'épices et de végétaux du Québec pour leurs propriétés antimicrobiennes et organoleptiques.
• Développement d’un fromage f​onctionnel renfermant des peptides bioactifs de macroalgues
• Développement d'un procédé d'encapsulation et de dispersion pour améliorer la salubri​té des al​iments.
• Développement d'un procédé de transformation des copr​oduits de concombre de mer et caractérisation des effets de la consommation alimentaire du produit obtenu sur la santé cardiovasculaire et métabolique.
• Développement d’un procédé d’interestérification sélective pour la production de gras solides nutrionnellement améliorés pour des applications alimentaires.
• Développement expérimental d'un emballage intelligent intégrant la nanotechnologie pour la détection de pathogènes.
• Évaluation de nouvelles techniques de transformation alimentaire pour garantir la sécurité, améliorer les économies d’énergie et la rentabilité, et augmenter la préservation de la qualité.​

• Identification de facteurs g​énétiques et environnementaux de survies de C. jejuni dans la chaine de production de l'abattoir.​

• La technologie des lumières pulsées : une alternative prometteuse pour l'inactivation des virus d'intérêt alimentaire.
• Mise au point d'un procédé d'extraction et caractérisation de l'activité de la collagénase de cra​be des neiges pour un accès à de nouveaux marchés.
• Plateforme de détection intégrée avec une unité d'extraction pour la détection rapide de nouveaux contaminants organiques dans des échantillons d'aliments.
• Plate-forme rapide, hautement sensible, de biocaptage de multiples analytes pour la détection des allergènes (projet en cours).
• Prolongation de la durée de conservation de la pizza préformée à l’aide de la lumière ultraviolette pulsée.
• Utilisation de l'électro-activation pour la production de jus fonctionnel de bette​rave rouge sans géosmine.
• Valorisation du perméat de lactosérum pour la production ​de composés prébiotiques par l'utilisation d'une enzyme microalgale.
• Valorisation écoresponsable de la biomasse issue de l’industrie de la transformatio​n des crustacés par le développement d'ingrédients bioalimentaires à valeur ajoutée.